Kabag Keagamaan Universitas ISlam Malang mengkoordinasi berbagai macam jenis kegiatan keagamaan yang ada di Unisma, baik lembaga ataupun UKM. Dibawah ini adalah lembaga yang berada dalam koordinasi dengan Bagian Keagamaan Unisma.

– LEMBAGA PENGKAJIAN ISLAM DAN KEASWAJAAN http://lpik.unisma.ac.id

– PESANTREN KAMPUS AINUL YAQIN http://pkay.unisma.ac.id

– MASJID AINUL YAQIN 

– UKM Jam’iyyatul Qurro’ Wal Huffadz (JQH)

– UKM Seni Islami (SI)

– UKM Mahasiswa Ahli Thoriqoh An-Nahdliyah (MATAN)